Projektvendimi ka për qëllim ndërhyrjen dhe saktësimin e dispozitave në strukturën e projektvendimit, në kuadër të harmonizimit me ndryshimet ligjore që ka pësuar ligji nr. 10448, datë 14.07.2011 “Për lejet e mjedisit”, i ndryshuar, ku është përcaktuar kalimi i pagesave të tarifave për cdo aplikim për leje mjedisi të tipit A ose B dhe kalimi i pagesës së tarifës vjetore në llogarinë bankare të Agjencisë Kombëtare të Mjedisit, që aktualisht derdhet në llogarinë bankare të ministrisë përgjegjesë për mjedisin.
Kalimi i pagesës për tarifat e aplikimeve për lejet e mjedisit të tipit A ose B, për llogari të Agjencisë Kombëtare të Mjedisit bëhet duke vlerësuar se ky është institucioni që ngarkohet për pranimin e aplikimeve për leje mjedisore, realizimin e procedurës së vlerësimit të dokumentacionit ligjor dhe teknik, si dhe hartimin e aktit të miratimit ose refuzimit të lejes së mjedisit tipit A apo B.
Me të njëjtin arsyetim parashikohet edhe përcaktimi i kalimit të pagesës së tarifës vjetore në Agjencinë Kombëtare të Mjedisit, në këtë rast duke mbajtur në konsideratë edhe faktin që AKM është organi që monitoron zbatimin e detyrimeve qe rrjedhin nga lejet e mjedisit. Kjo do të mundësonte efikasitet më të lartë, duke shmangur konfuzion apo dublikim të informacionit në lidhje me pagesat e kryera apo detyrimet e pashlyera nga ana e operatorëve apo mbajtës të lejes së mjedisit.